Simplemente para aclarar algunos conceptos. Los ácidos grasos NO se transforman en glucosa. Tu tienes dos fuentes de almacén de grasa en el cuerpo en forma de TRIGLICÉRIDOS: El famoso tejido adiposo (lonjas y mondongo) y el MÚSCULO ESQUELÉTICO. Los triglicéridos son moléculas compuestas por un glicerol unido a tres ácidos grasos. Por medio de la Hormona Sensitiva Lipasa (HSL) en respuesta a diferentes estimulos "parte" los triglicéridos en un monoglicérido y dos ácidos grasos libres. La monoglicerol lipasa se encarga de romper el último enlace entre el ácido graso restante y el glicerol. Qué pasa ahora? Los ÁCIDOS GRASOS se oxidan (por medio de la betaoxidación) para formar Acetil-CoA y entrar al ciclo de Krebs y formar NADH y FADH para que se forme ATP. El GLICEROL sufre otra modificación, donando su esqueleto carbonado para formar glucosa. Es por esto que las grasas no son eficientes para formar glucosa.
Ahora, el proceso de gluconeogénesis es un proceso NORMAL y que ocurre así bases tu alimentación en carbohidratos. El aporte de glucosa por parte de gluconeogénesis es el que varía.
En cuanto a tu pregunta de glucógeno, ejercicio y recuperación de glucógeno te explico. Mientras más adaptado estés, menos glucógeno vas a usar durante el entrenamiento. El cuerpo usa como principal fuente de energía lo que tu le des: EN DIETAS MUY BAJAS EN CARBOHIDRATOS AUMENTA LA UTILIZACIÓN DE TRIGLICÉRIDOS INTRA MUSCULARES Y DISMINUYE LA UTILIZACIÓN DE GLUCÓGENO (osea, "ahorras" glucógeno). Si existe una depleción de glucógeno, en mayor o menor medida, y no le das carbohidratos al cuerpo, este va a comenzar a "llenar" las reservas por medio de la gluconeogénesis. Aproximadamente, luego de 48 horas disminuye la sensibilidad a la insulina inducida por el ejercicio porque ya "llenaste" o "recuperaste" lo perdido por medio de la gluconeogénesis.
Te recomiendo que leas en mi blog el artículo sobre los carbohidratos luego del entrenamiento (
Somatotropina: ¿Máximo anabolismo? Adiós a los carbohidratos después de entrenar) , te va a ayudar a entender mejor este tipo de dieta. Lo que haces durante la semana es mantener tus niveles de glucógeno por debajo del tope (no necesitas que estén llenos) y aprovechar la sensibilidad a la insulina y todos los efectos que te da la restricción de glucosa y ejercicio el fin de semana, donde SUPERCOMPENSAS atiborrandote de carbohidratos.
Saludos