Una vez cubiertos los requisitos, las proteínas adicionales no se convierten en musculo ni aumentan la fuerza, resistencia o tamaño de los músculos.
El grupo amino de las proteínas que contiene nitrógeno se convierte en una sustancia llamada urea en el hígado. A continuación para a los riñones y se excreta por la orina. El resto de las proteínas se convierte en glucosa y se emplea como sustrato energético. Puede usarse de inmediato como fuente de energía o almacenarse, por lo general en forma de glucógeno. Si se consumen suficientes hidratos de carbono para reponer las reservas de glucógeno, el exceso de glucósa tal vez se convierta en grasa. Hubo un tiempo en el que se creía que el exceso de proteínas causaba daños en el hígado o los riñones, y que somete estos organos a un tensión excesiva.
Nunca se a demostrado que esto suceda en personas sanas, aunque sigue siendo una posibilidad teórica. No obstante, se recomienda a las personas con problemas de hígado o riñones que sigan una dieta baja en proteínas.
Tambien se ha afirmado que consumir demasiadas proteínas provoca deshidratación al perderse un exceso de agua procedente de los líquidos corporales para diluir y excretar el exceso de urea. Es poco probable que esto suponga un problema si se bebe suficiente liquídos.
El problema suele darse en las personas sedentarias, que consumen demasiadas proteinas . Pero no esta comprobado que esto ocurra en personas activas como corredores, powerlifters, etc