Vamos a ver, las protes son un "suplemento", es decir la tomas para ayudar a la dieta, eso es fundamental que lo entiendas, sin dieta, no hay nada que hacer. Bueno, aclarado esto, decirte, que la puedes tomar cuando quieras, no hace falta un momento concreto. Si lees en el foro verás como cada uno se las toma cuando quiere o las requiere en la dieta, y hay miles de fórmulas y teorías.
Sobre el como, te diré que como es un suplemento depende de tu dieta. Si por ejemplo para merendar te quieres tomar un vaso de leche y las protes, pues haces un batido de protes pero con leche ( y si es entera, sí, ganarás grasa), si en cambio solo tienes que tomarte las protes, pues con agua, que no tiene calorías.
Yo en mi caso las tomo siempre con agua, ya que solo tomo leche por la mañana con la avena.
Espero haberte ayudado.