Normalmente hay que dejarlo para el final del entrenamiento si también te toca musculación el mismo día, porque se supone que quemas más grasas que si lo haces antes.
Otra cosa es que hagas 5 ó 10 minutitos de trote ligero o elípitica a modo de calentamiento para entrar en calor para la sesión de máquinas, pero la sesión "fuerte" de cardio, siempre después.